Venne edificata nel periodo che va dal 1150 al 1200, secondo la tradizione sugli avanzi del tempio di epoca classica dedicato a Nettuno. Denominata anche “Annunziata di Castello a mare” o di “Castellammare” per la sua vicinanza all’omonima fortezza ubicata a guardia dell’insenatura del porto e della darsena, nel secolo XIII fu accorciata con arretramento della facciata, probabilmente a seguito di un terremoto e sulla nuova parete vennero inseriti i tre portali, il mediano centinato e i laterali architravati con arco di scarico. Nel 1270 venne affidata ai padri Domenicani, quindi, ad una congregazione di mercanti catalani sotto il regno aragonese e, nel 1607, ai chierici teatini che ne ebbero la loro prima sede a Messina per circa due anni. Restaurata in epoca aragonese e quindi elevata al rango di cappella reale ed immune da ogni ordinaria giurisdizione, veniva assegnata dai re, che si succedevano di volta in volta, a persone di loro gradimento. Tutto questo in ottemperanza ad una disposizione di re Ludovico, che aveva annesso la chiesa ad un ospedale di trovatelli sotto l’amministrazione di un rettore e ciò durò fino al 1507. Passò quindi al Senato messinese perché provvedesse alla sua gestione e, a seguito del terremoto del 1783 che aveva distrutto la chiesa di S. Nicolò all’Arcivescovado, venne elevata a parrocchia. L’altro sisma del 28 dicembre 1908 la risparmiò e facendo crollare tutte le superfetazioni di epoca barocca ed i corpi di fabbrica addossati all’esterno del settore absidale, riportò alla luce le primitive strutture architettoniche. Dal 1926 al 1932 si procedette ai lavori di restauro e consolidamento statico ad opera del Soprintendente ai Monumenti arch. Francesco Valenti.
A pianta basilicale con tre navate, tre absidi e cupola innestata sul transetto con pennacchi sferici, vi si nota un addensarsi di vari influssi che, nell’immagine architettonica complessiva, le conferiscono un carattere stilistico ibrido e attardato rispetto all’epoca nella quale sorse. Nel settore absidale esterno sono riproposte suggestioni decorative bizantine con una fascia di pietra bicolore alternata, che sottolinea lo svolgersi dell’elegante loggiato cieco punteggiato da esilissime colonnine e ricoprente tutto il settore per poi ripetersi sul tamburo della cupola.
Tale sistema compositivo si rifà a modelli del romanico pugliese, lombardo e pisano. Lo stile romanico pisano che fu adottato anche per la facciata della Cattedrale di Lucca, il romanico pugliese che si sovrappose alla tradizione bizantina e si fuse con la tecnica costruttiva normanna e con gli elementi decorativi islamici, e, il romanico lombardo improntato alla tradizione locale dei maestri comacini, sono i modelli stilistici ai quali si ispira l’oscuro architetto progettista della chiesa dei Catalani nel riproporre in maniera personale la ritmica successione degli archetti e delle loggette. Delle tre absidi, solo quella centrale emerge all’esterno, restando incluse dentro lo spessore murario le altre due laterali; soluzione, questa, che oltre ad avere precedenti nell’architettura bizantina, si riscontra in molti monumenti del periodo normanno quali, ad esempio, S. Maria di Mili a Messina e S. Giovanni degli Eremiti e la Zisa a Palermo. Lo scopo di tale artificio architettonico è quello di conferire ai volumi uno stereometrico e cristallino risalto.
Il portale principale, sormontato dallo stemma romboidale aragonese, presenta caratteri tardo romanici normanno-lombardi nei capitelli e bizantini negli stipiti, mentre elementi di imitazione tardo-romana si riscontrano nei capitelli dei portali minori. Il piano di calpestìo della chiesa e quello del cortile circostante sono alla quota della città antica, quota che si è andata via via sollevando per le continue alluvioni, straripamenti torrentizi ed accumulo di macerie causate dai terremoti: la stessa antica quota è riscontrabile nella chiesa di S. Maria degli Alemanni.
All’interno, le colonne rincassate dell’abside maggiore e alcuni capitelli testimoniano dell’influenza araba; di quella arabo-bizantina nella cordonatura dell’arco trionfale e nella sua morfologia a peduccio rialzato; di quella normanno-lombarda le strette ed alte finestre delle navate e della cupola e di quella bizantina, per la maniera di trattare con spessi strati di calce e lunghi mattoni la cupola, l’abside e le finestre, oltre alla copertura della navata principale di tipo mediterraneo a volta a botte, elemento tipicamente bizantino con agganci al razionalismo costruttivo arabo.
Tutto ciò conduce ad un eclettismo architettonico che caratterizza la chiesa dei Catalani nella sua diversità da altri monumenti normanni dell’Italia meridionale: in essa si condensano culture latine, bizantine ed arabe.