Il porto di Messina, tra i più grandi e importanti del Mediterraneo, è oggi, con oltre 10 milioni di passeggeri trasportati all'anno, il primo in Italia nel settore.
Il porto di Messina è anche tra i principali scali turistici del Mediterraneo, con un traffico annuo crescente di croceristi: 260.000 nel 2006, 300.000 nel 2007, 355.000 nel 2008 e 405.000 nel 2009.
Nell'ambito portuale di Messina sono compresi anche gli approdi della rada San Francesco, utilizzati per l'imbarco degli autoveicoli sui traghetti verso Villa San Giovanni; gli approdi di Tremestieri, utilizzati per l'imbarco dei mezzi pesanti verso Villa San Giovanni e Reggio Calabria; il porto turistico "Marina del Nettuno", con una disponibilità di 160 posti barca.
I servizi ferroviari di attraversamento dello Stretto sono assolti dalla stazione di Messina Marittima, contigua alla stazione di Messina Centrale. Il molo Norimberga, il più esteso tra quelli del porto messinese, è invece destinato all'attracco delle navi dell'autostrada del mare per Salerno e si estende nella zona della stretta penisola di San Raineri dalla caratteristica forma a falce, con i resti della Cittadella fortificata.
Il porto, che si apre sulla sponda occidentale dello stretto di Messina, è costituito da un'ampia insenatura racchiusa dalla tipica falce naturale, che delimita una superficie portuale di circa 820.000 m². Le aree portuali a terra, invece, occupano circa 50 ettari. La città di Messina si affaccia sul porto con il suo centro storico, sviluppatosi sin da prima dei tempi della colonizzazione greca sull'orlo del porto, tanto che l'originario nome siculo della città, Zancle ("falce") richiama proprio la forma del braccio portuale.
L'imboccatura del porto, orientata a NW, è larga circa 400 metri e si estende tra il Forte San Salvatore e la sede operativa della capitaneria di Porto.
La profondità media del bacino (a circa 100 metri dalle banchine) è di 40 metri, mentre i fondali in banchina sono ricompresi tra i 6,5 e gli 11 metri; questo consente l'accesso e l'attracco anche a navi di grosso tonnellaggio.
Le undici banchine, attrezzate con gru, fisse e mobili, e dotate di binari per i collegamenti ferroviari, si estendono per un totale di circa 1.770 metri.