E’ opinione comune che la fondazione della chiesa risalga al tempo di Guglielmo II il Buono (1168), ma lo storico gesuita Placido Samperi, cui dobbiamo le più particolareggiate notizie, esprime parere che la fondazione possa essere ancora più antica, ciò che concorda con una vetusta tradizione secondo la quale il monastero sarebbe stato tenuto, in un primo tempo, dalle monache Basiliane, poi Cistercensi e quindi Benedettine. Questa tradizione troverebbe conferma da posteriori documenti, i quali ne fanno risalire il ricordo al 1088, o, ancor più fondatamente, al 1103.
Nel 1167 la denominazione della chiesa, da S. Maria della Valle, venne cambiata in S. Maria della Scala a causa di un evento miracoloso legato ad un’immagine sacra che raffigurava la Madonna con una scala in mano, immagine trasportata a Messina da una nave, che, messa su di un carro tirato da buoi senza guida, venne portata lungo il letto dell’attuale torrente Giostra, fino all’eremo di S. Maria della Valle.
Nel marzo del 1168, Guglielmo II il Buono, con Margarita, sua madre, assegnava vari privilegi e donativi alla chiesa, riconfermati ed accresciuti il 13 febbraio 1196 da Costanza d’Altavilla, figlia di Ruggero II. Seguirono, quindi, quelli di Federico II di Svevia che con diploma dato in Messina il 9 agosto 1200, elevò la chiesa al rango di “Cappella Reale”. Durante la sollevazione dei Vespri, nel 1282, la chiesa venne assalita, saccheggiata ed incendiata dalle soldatesche di Carlo d’Angiò, che la spogliarono dei suoi tesori e distrussero molte opere d’arte. Sotto il regno di Federico II d’Aragona (1245-1337) il tempio risorse a nuova vita (grazie agli interventi di restauro effettuati in quel periodo), ma di breve durata: infatti, nel 1347, scoppiò la peste a Messina, per cui l’immagine della Madonna della Scala venne condotta, processionalmente, per la città ed in questa occasione, le monache iniziarono ad abbandonare la chiesa e il monastero, fino a trasferirsi definitivamente in un nuovo monastero costruito in città, adibendo la Badiazza a residenza estiva. Ciò durò fino a circa la metà del XVI secolo, quando i rigori del Concilio di Trento costrinsero le monache alla clausura in città; il complesso monastico, così abbandonato, cadde in rovina. In completo abbandono lo ricorda, infatti, il Samperi nel 1644: “…a guisa di un cadavero, spira tutta volta, come i cadaveri Reali, Maestà e grandezza”.
Ai danni dell’abbandono s’aggiungono le rovine provocate dalle intemperie: gravi quelle prodotte dalle alluvioni della prima metà del secolo scorso, particolarmente quella del 1840 e quella del 1855 che causò l’interramento interno ed esterno della chiesa e dal terremoto del 1851, che provocò la caduta di alcuni archi. Nel 1951-55 vennero effettuati dei restauri a cura della Soprintendenza alle Belle Arti, durante i quali furono ricostruiti gli archi, i pilastri e i relativi capitelli che erano andati distrutti nel terremoto del 1908; venne costruito anche un mastodontico muro di arginamento in calcestruzzo armato, con l’intenzione di proteggere il monumento dalle alluvioni e che, in realtà, lo ha parzialmente occultato alla visione.
Secondo Enrico Calandra, la chiesa deve il suo impianto basilicale alla trasformazione che subì il “santuario” a pianta centrica bizantino-normanno, fondato sui resti di costruzioni tardo-romane del V o VI secolo, quando vennero aggiunte le tre navate in epoca sveva al tempo di Federico II mentre altri autori, come il Bottari e l’Agnello, propendono per l’unitarietà del “santuario” con le navate, entrambi dello stesso periodo e comunque edificati dopo il 1086.
La cupola, di gusto arabeggiante, crollata tra il 1838 ed il 1840, era costruita quasi certamente in pietra pomice, materiale adatto a questa ardita forma architettonica per la sua leggerezza ma troppo fragile per sostenere il peso dei secoli.
L’evoluzione verso forme sempre più gotiche del complesso architettonico verrà a definirsi completamente nei restauri e nelle aggiunte operate in epoca aragonese da Federico II d’Aragona intorno al 1303. Tale gusto gotico si avverte, infatti, abbastanza evidente nelle parti alte del complesso e cioè nei rifacimenti delle volte a crociera con l’aggiunta di costolonature bicrome (bianche e nere), a sezione quadrata. All’epoca dei suddetti restauri, risalgono anche l’edicola votiva situata nella parte alta del prospetto absidale e il portale principale d’ingresso, in risalto sulla facciata secondo lo schema tradizionale presente nell’architettura siciliana del Trecento, con gli archivolti ornati dal tipico motivo a zig-zag, introdotto in tempi normanni e poi abbondantemente diffuso in tutta l’architettura dell’Isola.
Di stile gotico-cistercense sono invece il portale laterale, dalle profilature sottili e slanciate e le mensole d’imposta dei costoloni delle volte e gli ornati delle chiavi di volta delle crociere che l’Enlart, nella sua opera “Origini francesi dell’architettura gotica in Italia”, ritiene d’importazione francese.
Per quel che riguarda la serie dei capitelli presenti nel “santuario” e nelle navate, sono da notare i diversi influssi stilistici bizantini, cistercensi, borgognoni pregotici, che li differenziano tra di loro. Alcuni di questi capitelli, pur nell’impronta già gotica, per la rozzezza del disegno e dell’esecuzione, ricordano forme barbariche. Le forme tipiche “contratte”, nettamente gotiche, sono invece presenti nei capitelli dalle foglie uncinate a “croquets” che coronano le due colonne nicchiate negli spigoli dell’abside centrale.
Dei fasti del passato, oggi, della Badiazza non rimane neanche il ricordo, travolto e seppellito dal tempo che fugge; ma le pietre parlano, e, a chi le sa ascoltare, raccontano anche di un profumato giorno di maggio del 1303 e di un amore nato proprio qui, sotto queste mura, tra Federico II d’Aragona ed Eleonora d’Angiò: nel 1329, a Messina, i due si sarebbero, poi, sposati.