All’inizio del viale Boccetta con ingresso principale su Largo Seguenza, la Villa sorge nel sito di una necropoli romana e dove, in passato, si estendeva la scenografica piazza del “Piano di San Giovanni”. Si presenta sistemata a “giardino all’italiana”, con aiuole delimitate da vialetti e da ampi spiazzi per il gioco dei bambini e il passeggio degli anziani.
Denominata nella prima metà dell’Ottocento “La Flora”, venne intitolata a Giuseppe Mazzini qualche anno dopo la sua morte, avvenuta nel 1872 .
All’interno della Villa, lungo i viali, si ergono i busti di Mazzini, eseguito da Lio Gangeri; di Francesco Maurolico, eseguito dal Prinzi; di Bonfiglio e De Leo e quelli di Salvatore e Giovanni Bensaia, eroi messinesi dei moti risorgimentali.
Al centro si eleva un palchetto musicale, posto sopra una grande vasca coperta da ingrottamento artificiale, con giochi d'acqua e piante acquatiche.
La Villa è anche dotata di un grande Acquario dell’Istituto Talassografico, aperto nel 1955, dove sono custoditi esemplari marini del Mediterraneo e dei mari esotici.
